Когда появился вирус SARS-CoV-2?

В статье журнала Science, опубликованной 18 марта 2021 года, ученые также указывают на то, что по крайней мере в трех четвертых компьютерных симуляций такой вирус должен был самостоятельно исчезнуть вскоре после появления и не обусловить эпидемию.

«В исследовании мы хотели ответить на вопрос о том, сколько времени вирус SARS-CoV-2 циркулировал в Китае перед тем, как его открыли. Для этого мы соединили три важные источники информации: сведения о распространении вируса в Ухане перед тем, как в городе ввели локдаун, данные о его генетическом разнообразии в Китае и сообщения о первых случаях COVID-19, — рассказывает старший автор исследования Джоэль А. Вертгайм, доцент Отдела инфекционных заболеваний и глобального здоровья Школы медицины Университета Калифорнии в Сан-Диего. — Соединив все источники, мы установили, что самое позднее, когда вирус начал циркулировать в провинции Хубэй, — это конец октября 2019 года».

Информация о первых случаях СOVID-19 появилась в конце декабря 2019 года в Ухане (провинция Хубэй) в центральной части Китая. Китайские власти сразу оцепила район и ввели жесткий карантин по всей стране. В конце апреля 2020 года локальную передачу вируса удалось взять под контроль, но на данный момент его уже обнаружили в более чем 100 странах и он вызвал глобальную пандемию.

SARS-CoV-2-это зооносный коронавирус, который, как предполагают ученые, передался людям от неизвестного животного носителя.

Ученые приложили немало усилий, чтобы установить, когда он впервые начал циркулировать среди людей.

Первый кластер случаев, а также наиболее ранние данные с геном SARS-CoV-2, связывают с оптовым рынком морепродуктов в Ухане, но авторы исследования считают маловероятным, что пандемия началась именно там, поскольку первые задокументированные случаи COVID-19 не имели связи с этим рынком.

Согласно китайским СМИ, первые диагнозы нетипичной пневмонии, похожие на симптомы COVID-19, в провинции Хубэй датируются по крайней мере, 17 ноября 2019 года. Это свидетельствует о том, что когда китайские власти заметила вирус, он уже активно циркулировал.

В новом исследовании ученые воспользовались так называемыми «молекулярными часами», чтобы установить время первого — «индексного» — случая заражения SARS-CoV-2.

«Молекулярные часы» — это методика определения времени, когда одна форма жизни отделилась от другой, основываясь на темпе мутации ее генов. В случае SARS-CoV-2 это должна быть по крайней мере середина ноября 2019 года.

Молекулярное датирование наиболее раннего общего предка часто считают синонимом индексного случая новой болезни. Однако по словам соавтора исследования Майкла Воробея, профессора экологии и эволюционной биологии Университета Аризоны, «индексный случай может предшествовать появлению общего предка. Актуальный первый случай вспышки болезни мог произойти за дни, недели и даже месяцы перед теоретическим появлением общего предка. Определение длины этого „филогенетического запала“ как раз и лежало в основе нашего исследования».

Основываясь на доступной информации, исследователи оценивают, что среднее количество людей, инфицированных SARS-CoV-2 в Китае, была <1 перед 4 ноября 2019 г. Через 13 дней это были уже 4 человека, а по состоянию на 1 декабря 2019 года — только 9.

Первые госпитализации людей с симптомами, похожими на COVID-19, в Ухане начались в середине декабря.

Авторы исследования использовали ряд аналитических инструментов, чтобы смоделировать, как SARS-CoV-2 мог вести себя в начале пандемии, когда он был еще в основном неизвестным, а масштабы угрозы были непонятны.

Среди этих инструментов были эпидемические симуляции, основанные на известной биологии вируса, его заразности. Оказалось, что вирус был способен вызвать пандемию только в 29,7% симуляций. В других 70,3% он успевал заразить лишь несколько человек перед тем, как естественно исчезнуть, а его распространение прекращалось примерно за восемь дней после индексного случая.

«Обычно ученые используют генетическое разнообразие вирусного материала, чтобы установить время, когда вирус начал распространяться. — говорит Вертхайм. — Наше же исследование добавило к этому еще один важный аспект, а именно симуляцию длительности циркуляции его в природе перед тем, как он обусловил наблюдаемое генетическое многообразие».

По словам исследователей, такой подход дал неожиданные результаты. «Мы увидели, что в более двух третях симуляций начала эпидемии она должна была бы сразу утихнуть. Это означает, что если бы мы могли вернуться в прошлое и повторить сценарий 2019 года сто раз, то в двух третях случаев пандемии не произошло бы. Это подтверждает тезис о том, что человечество постоянно „бомбардируют“ зооносные патогены», — утверждает Вертгайм.

Он добавил, что хотя SARS-CoV-2 циркулировал в Китае еще осенью 2019 года, темпы его распространения, согласно их модели, были крайне низкими к декабрю того года.

«Учитывая эти данные, я очень скептически отношусь к утверждениям, что якобы в это время в Европе и Америке уже были случаи заболеваний COVID-19», — резюмирует исследователь.

Согласно с авторами исследования, оригинальный штамм SARS-CoV-2 вызвавшего пандемию — то, что он попал в урбанизированную среду с высокой плотностью населения. Если бы такой вирус появился в сельской местности, то, по данным этого исследования, эпидемия не состоялась бы в 94,5−99,6% случаев.

С тех пор вирус мутировал много раз, а отдельные его варианты стали еще заразнее, чем оригинальный штамм. «Отслеживание вирусных пандемий было неготовым к такому вирусу, как SARS-CoV-2, — считает Вертхайм. — Ученые искали что-то похоже на SARS или MERS, что имело бы высокую летальность, но оказалось, что даже вирус с высокой степенью заражения, но низкой летальностью тоже смог положить мир на лопатки».